En Méditerranée, une méthode innovante pour protéger des cités sous-marines millénaires et leur biodiversité unique
Dernière mise à jour : 11 oct.
Entre Marseille et Montpellier, le biologiste marin Louis Troussé cherche à comprendre l’impact des bouleversements environnementaux sur certaines communautés et certains habitats endémiques du bassin méditerranéen. Son travail de thèse, financé pour trois ans par le Programme Prioritaire de Recherche Océan et Climat, permet le développement d’une méthode innovante pour orienter au mieux les mesures de protection et de gestion des écosystèmes en Méditerranée.
par Carole Saout-Grit pour Connected Oceans – 09 octobre 2026
Originaire de Normandie, Louis Troussé a voyagé durant ses études supérieures pour suivre sa passion pour l’écologie marine, de La Rochelle au Costa Rica en passant par Montpellier et Nantes. Il a pu ainsi approfondir ses connaissances en écologie marine et en gestion des environnements littoraux. Les travaux qu’il mène depuis 2024 dans le cadre d’un doctorat portent en particulier sur l’étude de communautés et d’habitats typiques de la mer Méditerranée : les habitats coralligènes.
Une biodiversité unique et des cités millénaires menacées par des bouleversements environnementaux
En mer Méditerranée, entre 20 et 120m de profondeur, certains habitats existent depuis des millénaires, comme de petites cités remplies de vies et de petites constructions pour les abriter. Ces villes dites coralligènes sont principalement formées dans des conditions de faible luminosité par des corallines, de petites algues roses dures comme de la pierre qui s’accrochent avec d’autres organismes le long de parois rocheuses. Depuis des siècles, ces organismes s’empilent les uns sur les autres, telles des briques vivantes et contribuent à former des architectures extrêmement complexes. Dans un équilibre remarquable, ces habitats coralligènes abritent aujourd’hui près de 10% des espèces de la mer Méditerranée, qui à la fois les forment et les habitent.
Mais cet équilibre millénaire est menacé par des changements environnementaux et des pressions nouvelles dues aux activités humaines. Au sein des cités coralligènes, certains quartiers proches de la surface peuvent, par exemple, rapidement s’effondrer sous le poids d’une ancre qui tombe ou d’un filet de pêche qui arrache tout sur son passage. Une augmentation excessive de la température de l’eau peut également bouleverser l’équilibre écologique de certaines espèces et de leurs habitats : en 2026, les évènements extrêmes de vagues de chaleur marines ont touché l’ensemble du bassin méditerranéen d’est en ouest, sur une surface cinq fois plus importante que celles observées sur la décennie précédente. Ces vagues de chaleur marines exceptionnelles, qui touchent de plus en plus la Méditerranée, ont été accompagnées d’épisodes de mortalité massive chez de nombreuses espèces, notamment dans les habitats coralligènes.
Une approche innovante pour évaluer les communautés et les habitats
En Méditerranée, Louis Troussé se lance donc à la recherche de nouveaux indices pour identifier les habitants des villes coralligènes ainsi que les structures dans lesquelles ils habitent. L’objectif est de tenter de comprendre pourquoi ils y habitent et comment ils vont réagir aux pressions extérieures. Pour cela, il a une idée reposant sur un principe simple : pourquoi ne pas faire remonter virtuellement toutes ces villes à la surface pour mieux les reconstituer ?
Il organise alors son travail en trois temps : d’abord effectuer une plongée bien réelle sur le terrain pour prendre des milliers de photos dans ces quartiers sous pression, entre 30 et 45m de profondeur ; ensuite, assembler ces milliers de photos grâce à un ordinateur et reconstituer ces villes en 3D en visualisant l’architecture de chaque quartier ; enfin, coder une intelligence artificielle pour parcourir les milliers d’images et apprendre à reconnaître les espèces afin de décrire la population et pouvoir relier chaque habitant à son quartier respectif pour réaliser un recensement géant.
Photogrammétrie et apprentissage profond
Comment éclaircir les relations écologiques entre les nombreuses espèces présentes au sein des villes coralligènes et la structure complexe de leurs habitats, dans un contexte de changement global et de modification de leur structuration en trois dimensions ? C’est tout l’enjeu des travaux menés par Louis qui étudie conjointement, et de manière inédite, les communautés mobiles (poissons, mollusques et crustacés), les communautés fixées et la structure tridimensionnelle de ces habitats méditerranéens.
Pour atteindre ces objectifs scientifiques, Louis utilise dans un premier temps la modélisation par photogrammétrie : il compile des milliers d’images sous-marines pour reconstruire numériquement les habitats en 3D et pouvoir ainsi analyser leur structuration spatiale, leur relief et leur complexité. En parallèle, Louis caractérise les communautés mobiles par des méthodes de comptage visuel appliquées à ces habitats méditerranéens. Enfin, il développe un modèle d’intelligence artificielle fondé sur l’apprentissage profond (deep learning) pour faciliter la reconnaissance, l’analyse et le suivi des espèces fixées présentes dans ces villes coralligènes.
Ainsi, la combinaison de ces méthodes innovantes permet à Louis d’approfondir sa compréhension des relations entre les variations observées dans les communautés visibles d’organismes et la structure spatiale de leurs habitats au sein de ces cités coralligènes.
Le doctorat de Louis est financé dans le cadre du PPR (Programme Prioritaire de Recherche) Océan et Climat, porté par le CNRS et l’Ifremer. Ses travaux sont co-pilotés par trois organismes : l’association Septentrion Environnement ; l’unité mixte de recherche UMR Marbec à l’université de Montpellier ; l’Unité en Sciences Biologiques et Biotechnologiques (US2B) à Nantes Université. À ce titre, Louis est co-encadré par Bastien Mérigot, biologiste marin et maître de conférences à l’Université de Montpellier, Stéphane Télectchéa, bioinformaticien et maître de conférences à Nantes Université, Marjorie Roscian et Adrien Cheminée de Septentrion Environnement.
Plus largement, cette étude s’inscrit dans le cadre du projet SEASCAPE, qui vise précisément à étudier les relations entre la structure spatiale des habitats coralligènes en Méditerranée et les espèces qui y vivent, face aux changements climatiques et aux pressions humaines.
En mobilisant des approches pluridisciplinaires en écologie marine, informatique et analyse d’image, les méthodes développées et les connaissances acquises au cours de cette thèse doivent permettre de fournir une vision plus intégrative des habitats coralligènes afin de mieux orienter les mesures de protection et de gestion associées. Car de l’équilibre de ces cités sous-marines millénaires dépend celui de la mer Méditerranée, réservoir majeur de la biodiversité mondiale, et celui de notre humanité.
Trois questions à Louis Troussé
Pourquoi avoir voulu faire une thèse en sciences marines ?
Mes premières expériences avec le monde marin se sont faites dès l’enfance, à la découverte des organismes de l’estran en Bretagne et en Normandie, puis avec la pratique de la plongée. Depuis aussi loin que je me souvienne, une passion pour la découverte du monde sous-marin m’anime et nourrit ma vocation de toujours en apprendre plus sur lui.
Curieux de l’environnement qui nous entoure, j’ai orienté mon parcours vers l’écologie générale, puis l’écologie marine. Réaliser une thèse en sciences marines est pour moi l’occasion de me consacrer pleinement à l’étude de ces écosystèmes qui me passionnent depuis toujours.
Qu’est-ce qui t’a donné envie quand tu as postulé à ce sujet de thèse ? Quelles étaient tes motivations ?
Suite à mon stage de fin de master en écologie marine, je suis tombé sous le charme des habitats coralligènes, tant pour leur richesse que pour leur architecture complexe. J’ai alors souhaité contribuer à améliorer leur étude et leur suivi, notamment en intégrant les nouvelles technologies et l’analyse de leur structure en trois dimensions.
Le montage d’un projet de thèse sur ce sujet m’est apparu comme la meilleure manière d’y parvenir. J’ai ainsi participé à la co-construction de ce projet de thèse avec Adrien Cheminée, Bastien Mérigot et Stéphane Téletchéa, en parallèle d’un second master qui m’a permis de renforcer mes compétences en informatique.
Ce qui me plaît le plus dans cette thèse, c’est son côté pluridisciplinaire et intégré. Elle me permet de mobiliser mes compétences en écologie et informatique, tout en évoluant à l’interface entre recherche académique, travail sur le terrain, et le travail avec les gestionnaires d’aires marines protégées.
Comment imagines-tu ton futur après cette thèse ?
Je souhaite poursuivre une carrière dans la recherche sur les écosystèmes marins, en alliant ma passion pour leur découverte aux enjeux de gestion et de conservation. J’aimerais continuer à développer mes compétences techniques afin de mieux appréhender ce monde sous-marin, tant sur le terrain que derrière l’ordinateur. Enfin, je souhaite mêler la recherche et l’enseignement car j’aimerais transmettre ma passion aux générations futures.
Référence : Louis Troussé, « Analyse à l’échelle du paysage sous-marin de la structure tridimensionnelle des habitats coralligènes et de ses liens avec les communautés associées, utilisation de photogrammétrie et d’apprentissage profond », thèse 2024-2027
Contact : louistrousse@gmail.com
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